Aikido hat seinen Ursprung im mittelalterlichen Japan. Als dort um das 12. Jahrhundert unruhige Zeiten herrschten, wurden viele Kampfschulen gegründet, in denen spezielle geheime Techniken entwickelt wurden, die nur innerhalb eines Clans weitergegeben wurden.

Als die Zeiten wieder ruhiger wurden (etwa um 1600), entwickelten sich die Kriegstechniken zu Kriegskünsten (Budo). Sie wurden immer weiter fortentwickelt und als "Sport" gepflegt. Auf die Entwicklung des Budo nahmen auch die verschiedenen in Japan verbreiteten Religionen (wie z.B. der Zen-Buddismus) Einfluß.

Begründer des Aikido ist O Sensei Morihei Ueshiba. Er wurde am 14. Dezember 1883 in Tanabe, Präfektur Wakayama in Japan als Sohn einer angesehenen Samurai-Familie geboren. Der Tradition entsprechend wurde er nach den Regeln des Buddismus und des Bushido erzogen, wozu auch das Erlernen verschiedener Kampfkünste gehörte.

Ueshiba gründete in Tokyo eine Schule und hatte viele Schüler. Sein Training war unter anderem auch bei Offizieren des japanischen Militärs beliebt. Aber die Einstellung Uyeshibas und sein Stil wandelten sich. Er erkannte, wie gefährlich das Militär ist und welche anziehende Wirkung es auf gestörte Persönlichkeiten hat, die sich die Macht des Militärs zunutze machen.

Ihm erschienen Krieg, Kampf und Obrigkeitsgefühl fragwürdig. Deshalb zog er sich 1942 mit einigen Schülern aus der Öffentlichkeit für sechs Jahre in die Berge zurück. Dort studierte Uyeshiba ausführlich die Abläufe und Bewegungen der Natur und besonders des menschlichen Körpers. In dieser Zeit entwickelte er sein Aikido.

Nach dem Zweiten Weltkrieg begann Ueshiba, Aikido zu verbreiten. 1949 gründete er in Tokyo ein Dojo, wo er seitdem lehrte. In dieser Zeit veränderte sich Japan sehr stark. Nach der früheren Abschottung gegen westliche Einflüsse öffnete es sich nun. Der Kaiser erklärte, er fühle sich nicht als Abkömmling des Sonnengottes und verzichte diesbezüglich auf alle Privilegien.

Ueshiba gab jetzt auch Kurse für ausländische Gäste, während er vor dem Weltkrieg nur ausgewählte japanische Schüler unterrichtet hatte. Er betonte immer wieder die völkerverbindende Komponente des Aikido. Aikido könne Offenheit zwischen den Menschen schaffen. Seine Gedanken und Auffassungen wurden auch außerhalb des Aikido anerkannt.

Bis zu seinem Tod im Alter von 86 Jahren am 26. April 1969 war er in seinem Dojo in Tokyo aktiv und verbesserte sein Aikido immer weiter.