Die Organstruktur setzt sich zusammen aus der Geschäftsführung, dem Aufsichtsrat und dem Beirat.
Die wissenschaftliche und organisatorische Leitung des IZG obliegt der Geschäftsführung. Diese besteht aus einer Geschäftsführenden Direktorin und vier weiteren geschäftsführenden Mitgliedern.
Ein Aufsichtsrat kontrolliert die Arbeit der Geschäftsführung. Zwei Mitglieder des Aufsichtrates sind dabei Universitätsprofessoren der Fakultät für Rechtswissenschaft und Volkswirtschaftslehre, Abteilung Rechtswissenschaft, der Universität Mannheim und werden von dieser entsandt und abberufen.
Der wissenschaftliche Beirat des IZG setzt sich zusammen aus bekannten Persönlichkeiten, die in gehobener Stellung im Sinne des Vereinszwecks nachhaltig tätig und anerkannt sind. Zu Mitgliedern können insbesondere berufen werden Universitätsprofessoren, Richter der obersten Bundes- sowie der Oberlandesgerichte, herausragende Rechts- und Patentanwälte, Unternehmensjuristen und Personen, die als Referenten oder Autoren im Bereich des Geistigen Eigentums überregionale Bekanntheit genießen. Dem wissenschaftlichen Beirat obliegt die Beratung und Unterstützung der Geschäftsführung bei der Verwirklichung des Vereinszwecks, insbesondere hinsichtlich der vom IZG geförderten Forschungsprojekte, Fachpublikationen und Fortbildungsveranstaltungen. Zu seinen Mitgliedern zählen u.a.