Das Auswahlverfahren besteht aus zwei Instanzen: Eingereichte Bewerbungen werden zunächst vom InnoMA-Team auf Vollständigkeit, Umsetzbarkeit und thematische Passung überprüft. Das daraus resultierende Gutachten wird dann an die unten beschriebene Auswahlkommission weitergeleitet, die mithilfe der Auswahlkriterien eine Entscheidung über den Erfolg des Antrags fällt. Danach werden alle Antragsteller*innen über die Entscheidung informiert.
Förderfähig sind studierendenzentrierte, didaktisch sinnvolle, innovative und transferfähige digitale Lehrkonzepte. Idealerweise sollten diese auch im internationalen Kontext genutzt werden können, um den Universitätenbund ENGAGE.EU zu stärken.
Eine universitätsinterne Kommission entscheidet regelmäßig, welche Projektideen im Rahmen von InnoMA gefördert werden sollen. Die Kommission setzt sich aus der Prorektorin für Studium und Lehre, der Leiterin des Zentrums für Lehren und Lernen sowie Vertreter*innen der Fakultäten, Dozierenden und Studierenden zusammen.